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(1)提出申請和對專利申請的形式審查
申請人可以英、法、德三種官方語言之一向EPO提出申請。
(2)檢索請求及檢索報告的公布
在提交申請時必須提出檢索請求及繳納檢索費。對于主張外國優先權的申請，大約1年內可收到檢索報告。
自2005年7月1日起， EPO出具“擴展的歐洲檢索報告”(extended European search report，EESR)，在報告中附加一份對該申請可專利性的初步意見書。該檢索報告可幫助申請人預估授權前景，便于其適時作出修改或撤回申請案的決定。
(3)公布專利申請
對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，EPO將于自優先權日起18個月內公布專利申請。
對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，如果PCT公開的語言不屬于EPO規定的官方語言，則該申請將以所提交的歐洲專利申請的語言公開。如果PCT公開的語言已屬于EPO規定的官方語言，則該申請不需重復公開。
(4)提出實質性審查請求
對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，申請人應在EPO檢索報告公布日起6個月內提出實質審查請求，同時需從EPC締約國中指定具體成員國，并交納審查費和指定費。
對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，申請人應在提交歐洲專利申請的同時提出實質審查請求，同時需從EPC締約國中指定具體成員國，并繳納審查費和指定費。如果繳納7份指定費，EPC的全部締約國都可被指定。但延伸國的指定費需單獨交納。
(5)實質性審查
在提出實質審查請求后進入實審程序，申請人通常在提出實審請求后1-3年內收到EPO的審查意見。對于每一份申請文件，實質審查部門中相關領域的審查員將組成三人審查小組，該小組由第一審查員、第二審查員和組長組成。第一審查員主要負責分析申請文件，撰寫審查意見通知書，分析申請人的意見陳述和對申請文件所做的修改，建議授權或決定駁回。第二審查員主要負責檢查第一審查員提出的授權或駁回的建議，檢驗將被授權的最終文本的形式是否正確，同意授權或駁回，或者將申請文件連同本人的意見一并返回給第一審查員。組長的主要職責和工作內容為檢查第一審查員做出授權或駁回建議的法律依據和技術方面的理由，對申請文件的最終文本做詳細檢查，同意授權或駁回，或者將申請文件連同本人意見一并返回給第一審查員。
(6)授權、駁回和異議
經上述審查后，如果至少兩名成員認為該申請符合EPC的要求，則該申請可被授權。申請人選擇同意授權文本并允許本申請進入授權程序，或對文本或權利要求做一定的修改，同時付授權費并遞交權利要求的其他兩個語種的翻譯譯文。另外，需查詢是否已經提交優先權證明文件的譯文。上述工作完成后，歐洲專利被正式授權并發出授權證書。
如果三人小組考慮駁回該申請，則需告知申請人該申請將被駁回。在答復審查意見時，申請人通常是根據審查員的意見進行辯駁或修改申請文件，也可要求啟動口頭聽審程序，進行面對面的意見陳述。如果審查小組中至少兩個成員仍然未被說服，則該申請將被駁回。
授權決定做出后，異議期為自授權公告日起9個月。異議審查小組由三人組成，其中只有一人是原審查員。在歐洲專利被授權后，除專利權人以外的任何人可提出異議。
在歐洲專利申請程序中，申請人可對受理處、審查部、異議部或法律部所作出的決定提出上訴。此外，在歐洲專利的授權公告日起9個月后，由生效國的專利局自行處理無效請求。
(7)生效
一般在收到授權通知后，申請人就必須決定在指定國名單中選擇生效國。根據各生效國的規定，通常都需要將專利的全部內容翻譯成該國的語言，并提交給該生效國。歐洲專利組織成員國需在授權公告起3個月內完成翻譯工作并在各國生效。如果申請人未在期限內提交譯文，則喪失在該國的專利權。
(8)維持
完成在不同國家生效的工作后，申請人則擁有不同國家的專利，他們相互獨立，每一件都需繳納年費。