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1、申請軟件專利后是可以申請軟件著作權的，此兩者不沖突，可以多方面進行保護。

2、軟件著作權和專利權的區別：
（1）當軟件作品完成后，不論是否進行著作權登記，著作權依法產生，但是大家通常為了取得明確的證據，防止發生糾紛，申請軟件著作權登記進行保護。著作權保護期限為50年，申請登記時間順利的話兩個月即可完成。
（2）專利權分為發明專利、實用新型專利、外觀專利，只要比原有產品或技術更具備有新穎性、創造性和實用性就可以提交申請專利。必須進行申請，且國家知識產權局專利局審核授權后才可稱為專利，但是專利審查授權時間較長，實用新型和外觀專利授權時間通常為6-8個月，發明專利授權一般需要2-3年。
3、因為專利授權時間較長，可以先申請版權登記進行保護。但在發現侵權時，專利的保護力度和賠償力度大于著作權，所以不管是否進行著作權登記，專利申請都不可缺少。