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當然可以同時申請。
關鍵的問題是搞清軟件著作權與專利權的含義區別：軟件作品完成后，不論是否進行計算機軟件著作權登記，著作權就依法產生了。為了取得明確的證據，防止日后的糾紛，可以申請軟件著作權登記。專利權需要申請才能授予。
計算機程序具有作品性質，它的代碼表達就受到著作權法的保護。著作權并不保護“構想”本身，只保護“形式”。
發明專利申請：
1、涉及自動化技術處理過程的發明專利申請；
2、涉及計算機內部運行性能改進的發明專利申請；
3、涉及測量或測計算機程序試過程的發明專利申請等。這些程序與有關產品設備、計算機或測量裝置等結合在一起形成完整的技術方案，是可予授予專利權的。計算機程序要獨立完成，獨創性，只要是獨創的作品，不論其是否與已發表的作品相似，均可獲得獨立的著作權。而專利權只授予先申請人，要求新穎性，創造性等。
如果有一個軟件系統先申請了軟件著作權，可以申請專利，雖然軟件著作權先申請，但是軟件系統的技術核心，構想，模型等沒有公開等。申請專利的話，軟件著作權的申請不會有喪失新穎性的問題，因為沒有新穎性而言，只有獨創性。